Primeiramente eu tentei um script perl para converter os arquivos usando o VLC:
perl -e "$ext='m4a';@list = `ls *.$ext`;chomp(@list);foreach (@list) { $mp3 = $_;$mp3=~s/$ext$/mp3/;print '\"C:\\Program Files (x86)\\VideoLAN\\VLC\\vlc.exe\" \"',$_,'\" --sout=#transcode{acodec=mp3,ab=256,vcodec=dummy}:standard{access=file,mux=raw,dst=\"MP3/',$mp3,'\"} vlc://quit',\"\n\"; }" > convert.bat
Depois vi que não estava levando as informações ID3 e não achei como fazer isso com o VLC, então utilizei o seguinte programa:
https://dl.dropboxusercontent.com/u/26889773/m4a-to-mp3-converter.exe